穴盘中每穴种苗相对独立，既减少相互间病虫害的传播，又减少小苗间营养争夺，根系也能充分发育。
增加育苗密度，便于集约化管理，提高温室利用率，降低生产 成本。
覆盖物的选择要考虑几个方面：可以提高种子周围的湿度、保持良好的透气能力，以给种子提供足够的氧气。推荐使用大颗粒的蛭石作为覆盖物。而珍珠岩覆盖容易滋生青苔。
在子叶展开之前的水分管理比较简便，即要穴孔基质的下半部一直保持湿润。仅仅控制穴孔上半部分基质的干湿交替即可。
育苗盘
种子分播均匀，成苗率高，降低了种子成本。
播种后初次浇水：
两个选择方案：种子在苗床上萌发，要先浇少量的水，待穴盘全部移至苗床后，再浇一下次透水。若种子在催芽室或简易催芽空间（草苫覆盖保湿后），那么在进入催芽室之前要浇透水。建议用雾化喷头或喷水细密的喷头。
由于统一播种和管理，使小苗生长发育一致，提高种苗品质， 有利于规模化生产。
种苗起苗移栽简捷、方便，不损伤根系，定植成活率高，缓苗 期短。
穴盘育苗的秧苗，其根坨呈上大下小的四棱锥体，故又称为“塞子苗”，采用穴盘育苗培育的秧苗具有苗龄短、幼苗整齐、健壮、无病虫害、定植后还苗快等优点。移栽时不损伤根系，缓苗迅速，成活率高。
每穴一粒，避免漏播，72孔育苗盘，发芽率偏低的种子每穴播2粒。
覆盖基质：播种后用蛭石覆盖穴盘，方法是将蛭石倒在穴盘上，育苗盘，用刮板从穴盘的一方刮向另一方，去掉多余的蛭石，多肉育苗盘，覆盖蛭石不要过厚，与格室相平为宜。
穴盘育苗在由填料、播种、催芽等过程中均可利用机械完成， 操作简单、快捷，适于规模化生产。
不允许穴盘苗完全干燥；反之，基质中水分过于饱和也不行，会造成根系缺氧
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