播种：将种子点在压好穴的盘中，每穴一粒，避免漏播，白色育苗盘，发芽率偏低的种子每穴播2粒。
覆盖基质：播种后用蛭石覆盖穴盘，辣椒育苗盘，方法是将蛭石倒在穴盘上，用刮板从穴盘的一方刮向另一方，去掉多余的蛭石，覆盖蛭石不要过厚，与格室相平为宜。
用穴盘育苗种苗起苗移栽简捷、方便，不损伤根系，定植成活率高，育苗盘，缓苗 期短。
穴盘苗便于存放，运输。
播瓜类等大粒种子的穴孔基质不可太满；
避免挤压基质，否则会影响基质的透气性和干燥速度，而且由于基质压得过紧，种子会反弹，导致种子终发芽时深浅不一。
育苗盘
使用育苗盘育苗改善劳动环境，便于手工操作。可坐在温室的休息室内，把穴盘放在操作台上，往穴盘里播种或分苗。作业后放到温室里。
便于规范化操作。可以采用机器播种，适宜工厂化大量育苗，省工、省力、，我国目前工厂化育苗都采用穴盘。
装盘：首先应该准备好基质，将配好的基质装在盘中，装盘时应注意不要用力压紧，因为压紧后，基质的物理性状受到了破环，使基质中空气含量和可吸收水的含量减少，正确方法是用刮板从穴盘的一方刮向另一方
适合远距离运输和机械化移栽，多肉育苗盘，穴盘育苗是以轻基质无土材料做育苗基质，这些育苗基质具有比重轻、保水能力强、根坨不易散等特点，缓苗快，成活率高。穴盘育苗还可配备机械化移栽。
育苗栽培
蔬菜种子在经过浸种消毒后，把它播种到育苗盘中，调整养护温度在25℃左右，温度适宜的话，种子才能更快的出苗。为了让其出苗速度更快，可以每隔一周进行一次浇水工作，要让基质保持湿润状，若温度比较高的话，还可以给幼苗的四周喷水保湿。
育苗穴盘的穴孔形状主要有方形和圆形，方形穴孔所含基质一般要比圆形穴孔多30%左右，水分分布亦较均匀，种苗根系发育更加充分。标准穴盘的尺寸为540mm×280mm，因穴孔直径大小不同，孔穴数在18-800之间。栽培中、小型种苗，以72--288孔穴盘为宜。
育苗穴盘的颜色会影响植物根部的温度。
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