各穴孔填充程度要均匀一致，否则基质量较少的穴孔干燥的速度比较快，从而使水分管理不均衡
避免挤压基质，否则会影响基质的透气性和干燥速度，而且由于基质压得过紧，种子会反弹，导致种子终发芽时深浅不一。
底部无孔的可以用作化蛹盘，可孵化蚕蛹、蛋白虫、面包虫、黄粉虫等。
穴盘中每穴种苗相对独立，既减少相互间病虫害的传播，又 减少小苗间营养争夺，根系也能充分发育。
在子叶展开之前的水分管理比较简便，即要穴孔基质的下半部一直保持湿润。仅仅控制穴孔上半部分基质的干湿交替即可。
育苗盘
比如遇到以下状况，水只到穴孔一半比较合适：
天气由晴转阴、转冷，西红柿育苗盘，或者温室内湿度特别高。水分蒸发较慢，蒸腾作用较低，穴盘不易变干。 2、穴孔下半部仍旧有一定湿度。
节省育苗场地和降低成本。用穴盘播种，让小苗在穴盘里生长，长大后再移入育苗钵、或开沟分苗、或定植；在育苗盘里播种，把籽苗移入穴盘，长大后再移入育苗钵、或开沟分苗、或定植；这样开始占地少，尤其适于在早春温度低时培育小苗，外界温度升高后再移入其他保护地培育成苗，可减少加温费用。如果不用较大的苗定植，可直接用穴盘苗栽培。
培育生长量较小的苗用穴盘，培育生长量较大的苗用育苗钵或在苗床开沟培育。穴盘苗小，抗性弱，大地条件恶劣的不用穴盘苗。
育苗盘节省种子用量，降低生产成本。出苗整齐，保持植物种苗生长的一致性，能与各种手动及自动播种机配套使用
穴盘育苗在由填料、播种、催芽等过程中均可利用机械完成， 操作简单、快捷，育苗盘，适于规模化生产。
种子分播均匀，西瓜育苗盘，成苗率高，降低了种子成本。
穴孔中那样根系在内壁缠绕。较深的穴孔为基质的排水和透气提供了更有利的条件。
有些穴盘在穴孔之间还有通风孔，这样空气可以在植株之间流动。使叶片干爽，减少病害，干燥均匀，大棚育苗盘，保证整盘植株长势均匀。
穴盘的颜色也影响着植株根部的温度。一般冬春季选择黑色穴盘，因为可以吸收更多的太阳能，使根部温度增加。
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